Odsjek za vodni promet i infrastrukturu obavlja upravne, normativno-pravne i stručne poslove iz oblasti unutarnje i pomorske plovidbe. U okviru svoje nadležnosti, ovaj Odsjek prati i analizira stanje u sektoru vodnog prometa, sudjeluje u pripremi nacrta zakona, podzakonskih i drugih akata, te izrađuje stručna mišljenja i analize. Vodi jednostavnije upravne postupke iz nadležnosti odsjeka, pružanje stručne pomoći, izjašnjenja, nalaza i mišljenja Sektoru pravnih i općih poslova glede rješavanja u drugom stupnju te pruža stručnu podršku u vezi s pitanjima korištenja plovnih puteva, infrastrukture na vodenim površinama i obalnim područjima. Odsjek vrši stručni nadzor i koordinaciju rada kapetanija unutarnje i pomorske plovidbe, daje im stručne smjernice, prati provedbu propisa na terenu i osigurava usklađenost postupanja sa zakonodavnim okvirom. Također sudjeluje u planiranju i razvoju infrastrukture u oblasti vodnog prometa, surađuje s nadležnim institucijama i drugim tijelima uprave, te obavlja i druge poslove iz djelokruga rada odsjeka.