Odsjek za pripremu programa i praćenje provedbe projekata obavlja poslove koji se odnose na: pripremu programa i projekata iz nadležnosti Ministarstva, u skladu sa strateškim dokumentima i politikama Vlade Federacije Bosne i Hercegovine; izradu projektnih prijedloga i aplikacija za domaće i međunarodne izvore financiranja (uključujući IPA fondove, bilateralne i multilateralne donatore, razvojne banke i druge izvore); koordinaciju, praćenje i izvještavanje o provedbi projekata, uključujući izradu kvartalnih i godišnjih izvještaja, evaluacija i tehničko-ekonomskih analiza; prikupljanje, obradu i evidentiranje podataka relevantnih za realizaciju projekata iz nadležnosti Ministarstva, vođenje baze podataka o projektima iz nadležnosti Ministarstva, pripremu materijala za planove rada i izvještaje o radu Ministarstva, sudjelovanje u pripremi strateških dokumenata, politika, akcijskih planova i drugih propisa koji su u funkciji planiranja i provedbe projekata; suradnju s drugim organizacijskim jedinicama unutar Ministarstva, te s vanjskim institucijama i partnerima na entitetskoj, državnoj i međunarodnoj razini u vezi s pripremom i realizacijom projekata, obavljanje i drugih stručnih i administrativnih poslova iz djelokruga Odsjeka.